O Manifesto Eletrônico deve ser emitido pelas transportadoras, emitentes de CT-e, no transporte de carga fracionada e de lotação, também estão obrigados a emitir este documento a empresa emitente de NF-e que realiza suas próprias entregas, isto é, empresas que transportam carga própria, incluindo na contratação de autônomo.
Outras situações de obrigatoriedade:
- Transbordo, redespacho ou subcontratação;
- Substituição de veículo, motorista ou contêiner; e
- Inclusão de nova mercadoria ou documento fiscal.
Até agosto de 2020, o MDF-e era obrigatório apenas para o transporte de mercadoria de um estado para o outro e cada estado era livre para exigir ou não a emissão do Manifesto intermunicipal. Contudo, o ajuste SINIEF 23/19 do Confaz em dezembro de 2019, homologou a obrigatoriedade da emissão do MDF-e Intermunicipal em todos os estados brasileiros a partir de setembro de 2020.